Kamen temeljac za budući muzej položen je 19. srpnja 2004., a Arheološki muzej Narona osnovan je uredbom Vlade Republike Hrvatske 2005., te je nakon iznimno složenih građevinskih radova svečano otvoren 18. svibnja 2007., kao prvi muzej u Hrvatskoj izgrađen in situ. Takav način prezentacije arheološkog lokaliteta obogatio je muzejsku ponudu Hrvatske i ima malobrojne paralele u europskim i svjetskim razmjerima. Muzej je do sada tri puta nagrađivan. Nagradu „Vladimir Nazor“ dobio je arhitekt Goran Rako za projekt Muzeja, „Cemexovu“ nagradu za izgradnju dobila je tvrtka MGA iz Metkovića, a Arheološki muzej Narona dobio je nagradu Hrvatske turističke zajednice „Plavi cvijet“ za poseban doprinos obogaćenju turističke ponude Hrvatske.