Od osnutka do danas u Muzeju se radi na dopunama zbirki i popularizaciji prirodoslovlja. Muzej ima 26 zbirki s oko 90.000 muzejskih predmeta. Od 1998. prišlo se uređenju stalnog postava korištenjem modularnog pristupa i multimedije. Uređeni su dijelovi stalnog postava Morski psi i raže s izradom scenografije i multimedijalne prezentacije (CD-rom s fotografijama, slikama i video sekvencama), postavljen je novi stalni postav Geološka prošlost Jadrana gdje je prikazana geneza i razvoj bazena Jadranskog mora, a u prizemlju zgrade Muzeja uređen je dio stalnog postava "Akvarij - multimedijalni centar". U sklopu akvarija otvorena je i radionica-igraonica s edukativnim igrama prirodoslovnog sadržaja. 2004. godine otvoreni su stalni postavi Ptice i sisavci riječkog područja i Gmazovi i vodozemci riječkog područja. U 2005. godini u okolišu muzeja uređen je Botanički vrt, a na prvom katu 2006.g., stalni postav Kukci riječkog područja. Sve postave prate multimedijalni CD romovi prirodoslovnog sadržaja.