Muzej danas raspolaže s dva veća i dva manja objekta međusobno povezana muzejskim parkom. Centralna i najveća zgrada muzeja je graničarski čardak, četverokutna jednokatnica s trijemom.

Građena je početkom 19. stoljeća kao vojni objekt i jedini je takav očuvani primjer vojnokrajiške obrambene arhitekture na području Republike Hrvatske.

Druga muzejska zgrada - Agencija sagrađena je srednimom 19. stoljeća, u vrijeme kada je Savom, Dunavom i Tisom plovio prvi hrvatski parobrod "Sloga". Prvotno je, dakle, služila za potrebe parobrodske agencije da bi od 1977. godine postala neodvojivi dio Muzeja. Ostala dva manja objekta služe kao pomoćne prostorije i muzejski depoi. Od 1996. do 1998. godine Muzej provodi intenzivnu sanaciju Čardaka, a potom i Agencije. Nakon završetka sanacije prilazi se izradi prostornog rasporeda budućeg stalnog muzejskog postava za sve muzejske zbirke. Stalni postav etnološkog odjela u Zavičajnom muzeju "Stjepan Gruber" u Županji prema navedenom prostornom rasporedu smjestio se u zgradi Agencije. Taj objekt u prizemlju ima dvije prostorije, jednu veću (56,60 m2) i jednu manju (16,60 m2). One su međusobno povezane otvaranjem pregradnog zida pa je posjetiteljima omogućeno kružno kretanje pri razgledanju postava. U potkrovlju iste zgrade stalni postav obuhvaća prezentaciju starih zanata.

Stalni postav etnološke zbirke u Zavičajnome muzeju "Stjepan Gruber" u Županji koncipiran je tako da su primarne teme za prezentaciju tradicijske kulture razvrstane prema godišnjim dobima (običajima kroz godinu), ali i prema životnim običajima (od rođenja do smrti). Unutar tih tema predočeni su mnogobrojni etnološki predmeti koje su starosjedioci, hrvatsko stanovništvo katoličke vjeroispovjesti - Šokci s područja županjske Posavine koristili pri obavljanju svakodnevnih ili povremenih poslova u domaćinstvu. Postavom je uglavnom obuhvaćeno vremensko razdoblje od sredine 19. do polovine 20. stoljeća, s tim da je nekoliko izloženih predmeta rekonstruirano u novije vrijeme prema orginalima na terenu ili prema fotografijama iz tog razdoblja.