Začetak Zbirke jest u Pomorskoj zbirci koja se 1958. g., zahvaljujući nastojanju djelatnika tadašnjeg Instituta za historijske i ekonomske nauke JAZU u Zadru, započela stvarati unotar te ustanove. Godine 1966. zbirka je svečano otvorena iako do danas nije službeno registrirana.

U izložbenim dvoranama postavljena je stalna pomorsko-povijesna izložba, kronološkim redom u tri izložbene dvorane i jednoj manjoj prostoriji:
a) prapovijesno i antičko razdoblje,
b) razdoblje starohrvatskog pomorstva,
c) razdoblje jedrenjaštva,
d) razdoblje suvremenog motornog brodarstva (s posebnom cjelinom o tragediji tankera "Petar Zoranić").
Ispred ulaza u zgradu postavljena je zbirka željeznih brodskih sidara