Sagrađen u vrijeme gradnje cijele Dioklecijanove palače, kasnije postaje krstionica. Pred samim ulazom u hram se nalazi sfinga donesena iz Egipta po naredbi cara Dioklecijana. Jupiterov hram je građen od 295. do 305. god, kao dio palače cara Dioklecijana.
Vjerojatno je bio posvećen vrhovnom rimskom božanstvu i Dioklecijanovom božanskom ocu Jupiteru. Hram se nalazi zapadno od središnjeg dijela palače koji je bio religijski dio, a do kojeg se dolazilo svečanim prilazom.Tokom kasne antike i srednjeg vijeka hram je pretvoren u krstionicu, a kripta je posvećena svetom Tomi. U 13. stoljeću krstionica dobiva krsni zdenac. Na jednoj od mramornih ploča uklesan je najstariji prikaz hrvatskog kralja Krešimira IV ili Zvonimira. U unutrašnjosti su sačuvana dva sarkofaga u kojima su pokopani splitski nadbiskupi Ivan i Lovro. Izuzetan je i i veliki Meštrovićev kip svetog Ivana Krstitelja,koji se također nalazi u unutrašnjosti.