Pomorski muzej osnovan je 1949. godine na inicijativu Jadranskog instituta Jugoslavenske akademije znanosti i umjetnosti (danas HAZU). Godine 1987. spojio se s Dubrovačkim muzejom. Pomorski muzej je smješten u tvrđavi svetog Ivana restauriranoj nakon potresa 1979. godine. Stalni postav je postavljen 1986. godine i s oko 5.000 predmeta u vlasništvu Muzeja prikazuje pomorsku povijest Dubrovnika i njegove okolice. Tu su i modeli brodova iz 17., 18. i 19. stoljeća, zastave, topovi i ostalo oružje, pulene, nautički instrumenti, brodski dnevnici, karte. razni dokumenti i slično. Muzej posjeduje vrijednu knjižnicu s mnogim rijetkim primjercima knjiga i važnom arhivskom građom. Utvrđenja i zidine Dubrovnika potvrda su pozorne i sustavne graditeljske djelatnosti, kojom je Dubrovačka Republika tijekom stoljeća zaštićivala i branila svoj grad. Tvrđava sv. Ivana na Mulu jedna je od četiri najveće gradske utvrde, čija je gradnja započela u 14. st. s namjerom da štiti gradsku luku s juga od valova, a s morske strane od neprijatelja. Izgled i prostori današnje tvrđave nastali su spajanjem pojedinih građevina u jedinstvenu cjelinu zaključno u 16. st. Godine 1889. tvrđava je pregrađena na dva kata i probijeni su veliki prozori na mjestima otvora za topove. Pomorski muzej smješten je 1952. u prostore tvrđave sv. Ivana.